硝化菌能直接倒入鱼缸中。在将硝化细菌直接倒入鱼缸的时候，一定要控制好剂量。还有一种方法是将硝化菌放在滤棉上，因为有的硝化细菌里面的杂质比较多，放在滤棉上能够将杂质过滤掉，并且方便水循环和清洗过滤棉。在饲养鱼的过程中，想要保证水质干净卫生，除了添加硝化细菌外，还需要定期检测水质、勤换水，才能够让鱼缸内的环境更加健康。
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