1、认证不同：自营店指的是生产厂家自行经营的店铺，旗舰店是指经生产厂家认可的经营店铺。

2、物流不同：自营店是从商家那里购进，放到自家仓库，物流是自己配送，速度相对较快。而旗舰店一般是在企业内部的，由第三方的物流配送，所以会稍微慢一些。

3、销售方式不同：自营店一般由销售平台的供应厂家来销售，旗舰店则是品牌店官方店铺。