区别如下：
一、词性不同
1、What day istoday词性：What day istoday中today是时间状语。
2、whatis today词性：Whatis today中today是名词。
二、侧重点不同
1、Whatistoday侧重点：用作不可数名词时，意思是“今天”，只指白天，不指黑夜。
2、what day is today侧重点：一般用作主语，用作定语时多用其所有格。
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