减少基因突变对编码序列的损害，突变有较大可能会发生在漫长的内含子上；是新基因产生的温床，内含子序列的改变可能影响剪切方式；有些内含子中包含转录调控序列，可以结合转录调控因子，控制转录速率，一些增强子、沉默子甚至核心启动子就是定位在内含子中的。