巴南区原来叫巴县，巴县在九区十二县的时代管辖范围较广，对重庆主城区形成三面包围，1994年底重庆区域调整，巴县改为巴南区，长江以北所辖区域分别划给了沙坪坝区、九龙坡区、大渡口区，长江以南划入部分原九龙坡区的地盘，划出部分地区给南岸区。