SSR分子标记原理：基因组中某一特定的微卫星的侧翼序列通常都是保守性较强的单一序列，可以将微卫星侧翼的DN**段克隆、测序，根据微卫星的侧翼序列就可以人工合成引物进行PCR扩增，将单个微卫星位点扩增出来。单个微卫星位点重复单元在数量上的变异，个体的扩增产物在长度上的变化就产生长度的多态性，这一多态性称为简单序列重复长度多态性SSLP，每一扩增位点就代表了这一位点的一对等位基因。因为SSR重复数目变化很大，所以SSR标记能揭示比RFLP高得多的多态性。
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